Curso Atualidades em Macroecologia
Escola de Altos Estudos CAPES - Brasil
Universidade Federal de Sergipe
NOTA: Tem que carregar o “workspace” (arquivo .RData) do exercicio anterior pois lá tem objetos que serão usados nesse exercicio.
Carregar os seguintes pacotes:
library(raster)
library(maptools)
library(rgeos)
library(sp)
Carregar as variáveis ambientais
aet <- raster("AET.bil")
npp <- raster("npp2.asc")
#conferir se os rasters estão "projetado""
projection(npp)
projection(aet)
#se não estiverem projetados (ter referência geográfica), definir uma (a "default", coordenadas geográficas)
proj4string(aet) <- CRS("+proj=longlat +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0,0,0,0,0 +no_defs")
proj4string(npp) <- CRS("+proj=longlat +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0,0,0,0,0 +no_defs")
Cortar os rasters de NPP e AET pro extent do raster da America (criado antes, de 1º de resolução)
aet_amer <- crop(aet,extent(amer_ras))
npp_amer <- crop(npp,extent(amer_ras))
Agregar os valores de NPP e AET numa resolução maior
aet_amer1 <- aggregate(aet_amer,2)
npp_amer1 <- aggregate(npp_amer,2)
Os valores de AET nos océanos é de 255, tem que transformar pra NA
aet_amer1_vals <- values(aet_amer1)
aet_amer1_vals <- ifelse(aet_amer1_vals==255,NA,aet_amer1_vals)
aet_amer1_nas <- aet_amer1
values(aet_amer1_nas) <- aet_amer1_vals
Obter as coordenadas do raster dos morcegos
bats_ras_coords <- xyFromCell(bats_raster, 1:length(values(bats_raster)))
Obter os valores de AET nos locais aonde tem morcegos. Trocar NAs por 0
bats_ras_aet <- extract(aet_amer1_nas,bats_ras_coords)
bats_ras_rich <- values(bats_raster)
bats_ras_rich_nonas <- ifelse(is.na(bats_ras_rich),0,bats_ras_rich)
bats_ras_aet_nonas <- ifelse(is.na(bats_ras_aet),0,bats_ras_aet)
Correlação entre riqueza e aet
cor(bats_ras_aet_nonas,bats_ras_rich_nonas)
cor.test(bats_ras_aet_nonas,bats_ras_rich_nonas)
library(SpatialPack)
modified.ttest(bats_ras_aet_nonas,bats_ras_rich_nonas,bats_ras_coords)
Repetir as correlações (os passos anteriores) para os padrões em diferentes escalas que geramos no exercicio anterior
Como são?
Os resultados são semelhantes entre escalas?